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今般問題となった障害者相談支援事業をはじめとする社会福祉事業に関する事業の消費税の課税判断については難解です。

上記を含め、非営利法人における法人税や消費税は普通法人に比べて特殊かつ複雑な取り扱いとなっています。

当事務所では、これらを踏まえて非営利法人の適正な申告をサポートします。

公益法人等で法人税の対象とされる主な所得は、以下のとおりです。

1. 公益法人等は、収益事業を行う場合に限り、法人税の納税義務が生じると定められています（法法2六、法法4①、別表二）。
   ※収益事業の範囲（３４種類）については、法人税基本通達等により詳細に定められています。
2. ただし、公益法人等が行う事業が、法人税法が定める収益事業の範囲に属する事業であっても、公益認定法第2条四号に規定する公益目的事業に該当する場合は、収益事業に含まれないこととされています。
   
3. 公益法人等が収益事業に属する金銭等を収益事業以外の事業のために支出した場合は、それを収益事業から収益事業以外の事業に対する寄附金（「みなし寄附金」）として、収益事業の所得の計算上、一定の限度額まで損金に算入することが認められています（法法37⑤、法令77の3）。
   

注　法令は次のとおり表記しています。

• 法人税法：法法
  
• 法人税法施行令：法令

公益法人等であっても、以下のいずれかを行う者は消費税等を納める義務があります。

1.  国内において、消費税等が課税される取引（資産の譲渡、資産の貸付け、役務の提供）を、事業として対価を得て行う事業者（法人及び個人事業者）。ただし、課税売上高が一定規模以下の場合は、免税事業者となり消費税等の納税義務が免除されます。
2.  消費税等が課税される外国貨物を保税地域から引き取る者
   

なお、消費税等の課税の対象となる取引か否かは、判定が難しいものもあります。
以下のようなケースは、その取り扱いに注意を要します。

• 会費・組合費・入会金等を受け取った場合
  
• 補助金・奨励金・助成金等を受け取った場合
  
• 会報、機関誌の会員等への無償配布
  
• 駐車場代の収受
  
• 授業料・入学金の収受等がある場合
  

また、消費税等の申告計算においては、収入の内に特定収入（補助金、交付金、寄附金、会費等、負担金等）が含まれる場合は、「特定収入割合」を計算し、納付税額を求める必要があります。さらに、特定収入がある場合には、消費税法の求める記帳義務に加え、特定収入に関する事項を帳簿に記録する必要があります。

公益法人等が支払う所得で、源泉徴収の対象なる主なものは、以下のとおりです。

1. 役員や職員に対する給与の支払
   
2. 講演を依頼した講師に支払う謝金（講演料）、法人の機関誌に執筆を依頼した人などに支払う原稿料等
   
3. 弁護士、税理士、公認会計士、司法書士等に支払う報酬・料金

1. 公益社団・財団法人等に財産を寄附した場合の譲渡所得の非課税制度
   
2. 個人が、法人に対して不動産等の資産を贈与又は遺贈、あるいは著しく低い価額（時価の2分の１未満）で譲渡したときには、時価で譲渡したものとみなされて、所得税が課税されます。
   ただし、公益社団・財団法人及び一定の要件を満たす一般社団・財団法人に対する贈与又は遺贈で（低額譲渡は対象外）、一定の要件を満たしている場合（国税庁長官から承認を受けているものに限る）は、その贈与又は遺贈はなかったものとして、所得税を課さないこととされています。
3. 公益社団・財団法人等に相続財産を贈与した場合の相続税の非課税制度
   相続又は遺贈によって財産を取得したものが、その財産を公益社団・財団法人及び一定の要件を満たす一般社団・財団法人に対し、相続税の申告期限までに贈与した場合は、一定の事由に該当するケースを除いて、その贈与した財産は相続税の課税対象から除外することができます。
4. 公益社団・財団法人等に対する寄附金
   法人が特定公益増進法人の主たる目的である業務に関連する寄附を行った場合、一般の寄附金とは別枠で、一定限度限度まで損金算入が認められます。
   個人が特定寄附金（国・地方公共団体への寄附金、財務大臣による指定寄附金、特定公益増進法人への寄附金等）を支出した場合、一定額をその年分の総所得金額から控除することができます。